Peringatan Hari Nusantara didasarkan pada Deklarasi Djuanda, 13 Desember 1957. Saat itu, Ir Djuanda Kartawidjaya mendeklarasikan wilayah kedaulatan laut Indonesia bahwa semua perairan di sekitar, di antara, dan yang menghubungkan pulau-pulau yang masuk daratan NKRI adalah bagian-bagian yang tak terpisahkan dari wilayah yurisdiksi Republik Indonesia.
Hari Nusantara pertama kali dicanangkan oleh Presiden Gus Dur, tahun 1999. Namun baru pada era pemerintahan Megawati Soekarnoputri, tanggal 13 Desember ditetapkan secara resmi sebagai Hari Nusantara, melalui Keppres No. 126 Tahun 2001.