Selain merilis Peta Jalan, Kemenag pada tahap awal juga telah menentapkan sembilan lembaga yang akan dijadikan pilot project kemandirian pesantren, yaitu:
1. Pesantren As'adiyah Kalimantan Utara,
2. Pesantren Nahdlatul Ulum Maros Sulawesi Selatan,
3. Pesantren Dayah Darul Atiq NAD,
Baca Juga:Mulai Besok, Ribuan Polisi Serentak Stop Arus Mudik di Wilayah Sulsel
4. Pesantren Qomarul Huda NTB,
5. Pesantren Al Imdad Yogyakarta,
6. Pesantren At Tahdzib Jawa Timur,
7. Pesantren Tarbiyatul Banin Cirebon,
8. Pesantren Al Amin Riau, serta
Baca Juga:3 Proyek Besar Pemprov Sulsel yang Dibangun Dengan Utang Bermasalah
9. Pesantren Raudatul Mubtadiin Jawa Tengah.
