Dalam kekacauan politik tahun 1998, dilaporkan pula bahwa Prabowo Subianto, menantu Suharto dan Panglima Kopassus, telah merekrut dan memanipulasi Anton Medan untuk mendapatkan pendukung militan.
Dalam penyidikan kasus kerusuhan 1998, Anton Medan membantah tuduhan terlibat aktif di balik layar, meski mengaku berada di tengah-tengah massa.
Namun, dia menolak untuk bersaksi kecuali Komisi Nasional Hak Asasi Manusia merehabilitasi namanya terlebih dahulu.
Baca Juga:Tokoh Muslim Tionghoa Anton Medan Meninggal Dunia, Ucapan Duka Bergema
